무역풍(동→서)의 강약 변화로 남태평양의 표층수온과 기압에 동서 방향 진동(Southern Oscillation; 남아메리카 페루/에콰도르 ↔ 동남아시아 인도네시아)이 생기고, 그에 따라 엘니뇨와 라니냐가 발생합니다. 평소에는 남동태평양의 고기압에서 서태평양의 저기압으로  무역풍이 불고 이에 따라 표층수도 이동하여 서태평양 표층에 따뜻한 바닷물이 모입니다. 엘니뇨가 발생하는 때는 무역풍이 약해져서 따뜻한 표층수가 반대 방향으로 이동, 남아메리카 해안 부근까지 범위를 넓히면서 그 지역을 포함하여 더 넓은 바다 위의 기온이 평소보다 상승합니다. 주로 12월(크리스마스 즈음)에 이 현상이 강해지기 때문에 아기 예수를 가리키는 엘니뇨(El Niño, 스페인어로 ‘소년’)라고 불립니다. 엘니뇨와 반대의 현상을 가리키기 위해 ‘소녀’라는 뜻의 스페인어를 쓴 라니냐(La Niña)가 발생하면, 무역풍이 평소보다 강해져서 따뜻한 표층수가 서태평양으로 더욱더 밀려가서 좁은 지역으로 축소되고 대신 남동태평양에서는 서쪽으로 밀려간 바닷물의 자리에 심해의 차가운 바닷물이 올라옴에 따라 연안과 주변 바다 위의 기온이 하강합니다. 이러한 현상을 전체적으로는 남방진동과 더 두드러진 현상인 엘니뇨를 합해서 ENSO(El Niño–Southern Oscillation)라고 부릅니다.